На лексусе такая хрень лечится поэтапным по кругу открыванием на полную и закрываением на полную,начинать надо ,если память не изменяет с переднего пассажирского.Попробуй по разному.
И это надо делать не с водительской консоли,а именно с кнопки на каждой индивидуальной двери.

Инструкцию перевел, выполнил. После инициализации стеклоподъемник водительской двери автоматически закрывает/открывает окно но, все так-же, до половины...

P.S. перевод инструкции ниже (если кому понадобится)

ИНИЦИАЛИЗАЦИЯ СИСТЕМЫ
Описание
Если выполняется какая-либо из следующих операций, инициализация необходима для нормальной работы стеклоподъемника.
♦ Отсоединение и подключение кабеля аккумулятора 12 В от отрицательной клеммы.
♦ При замене главного электрического стеклоподъемника и переключателя блокировки / отпирания двери.
♦ Электропитание главного электрического стеклоподъемника и переключателя блокировки / отпирания двери или электродвигателя левого переднего электрического стеклоподъемника прерывается из-за перегоревшего предохранителя или отключения и подключения отрицательной клеммы аккумуляторной батареи 12 В и т. Д.
♦ Отсоединение и подключение разъема жгута проводов главного электрического стеклоподъемника и выключателя блокировки / отпирания двери.
♦ Снятие электродвигателя левого переднего электрического стеклоподъемника с узла регулятора.
♦ Работа узла регулятора как самостоятельного блока.
♦ Снятие и установка стекол.
♦ Снятие и установка стеклоподъемника двери.
ВНИМАНИЕ:
Следующие указанные ниже операции не могут быть выполнены в неинициализированном состоянии.
♦ Автоподъем
♦ Функция защиты от защемления

1. ЭТАП 1
1. Включите выключатель питания.
2. Нажмите на главный стеклоподъемник и переключатель блокировки / разблокировки двери, чтобы полностью открыть окно. (В этой операции нет необходимости, если окно уже полностью открыто)
3. Продолжайте тянуть главный электрический стеклоподъемник и переключатель блокировки / разблокировки двери в положение ВВЕРХ (режим АВТОМАТИЧЕСКОГО ВВЕРХ). Даже после того, как стекло остановится в полностью закрытом положении, продолжайте нажимать переключатель в течение 2 секунд или более.
4. Убедитесь, что функция AUTO-UP работает нормально.
»ПЕРЕЙДИТЕ К ЭТАПУ 2.
2. ЭТАП 2
Проверьте функцию защиты от защемления.
1.ПРОВЕРЬТЕ ФУНКЦИЮ АНТИЗАЩИЩЕНИЯ
♦ Полностью откройте дверное окно.
♦ Поместите кусок дерева рядом с полностью закрытым положением.
♦ Полностью закройте дверное стекло с помощью AUTO-UP.
♦ Проверьте следующие условия
- Убедитесь, что стекло опускается примерно на 150 мм (5,9 дюйма), не зажимая деревянную деталь, и останавливается.
- Убедитесь, что стекло не поднимается при включении главного электрического стеклоподъемника и выключателя блокировки / разблокировки двери при опускании.
ВНИМАНИЕ:
• Выполните начальную настройку, если функция AUTO-UP или функция защиты от защемления не работает нормально.
• Перед проверкой при инициализации системы убедитесь, что функция AUTO-UP работает.
• Во избежание травм не проверяйте руками и другими частями тела, так как они могут быть защемлены. Не переживайте.
»Окончание проверки.

Дверь не разбиралась, стекло не вынималось?  То есть механических изменений в двери нет? Если разбиралась, то нужно посмотреть правильность сборки, целостность проводов.

Вариант - открыть на сколько можно, скинуть клемму с аккумулятора на некоторое время (на 1 минуту или 1 час?), возможно, он сбросит память и позволит открывать ниже, а потом переобучить крайним положениям.

Дверь разбиралась под покраску (все 3).